Però il mutamento istituzionale che vedeva la progressiva avanzata dei Comuni, minacciava il potere temporale dei Vescovi, che ricorsero al pontefice per protezione. Infatti il potere laicale dei Comuni e il potere politico dei Vescovi si estesero sullo stesso territorio contemporaneamente: ciò comportò inevitabili lotte tra le due forze politiche che esercitavano la giurisdizione sulle stesse terre fino ad almeno il 1240. In tale data nacque il Comune di Vercelli, mentre la costituzione del Comune di Masserano fu di certo posteriore, anche se non si conosce la data precisa.

Quest'ultimo era composto dal Consiglio di Credenza, (il numero dei suoi componenti è ignoto fino al 1583) e dalla Credenza Generale, formata da tutti i capi famiglia del paese e dei luoghi "vicinia" (parrocchie).
Nel 1243 il legato pontificio Gregorio di Montelongo cedette al Comune di Vercelli tutti i diritti giurisdizionali della Chiesa Eusebiana, riservandole la giurisdizione minore; Masserano finì per essere amministrato da due autorità: il Vescovo ed il Podestà di Vercelli.

Quando nella lotta contro i vescovi si inserirono i Visconti, a Masserano si consolidò una Signoria, quella dei Fieschi.
I torbidi politici dei sec. XIII e XIV, alimentati da varie fazioni (Toriani, Tizzoni, Avogadri), che ottengono in breve tempo il dominio di Masserano, non gli consentirono di diventare un borgo franco, poiché il Comune di Vercelli non ne possedette mai l'intera giurisdizione.


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