Vittorio Amedeo di Savoia, figlio di Carlo Emanuele III, ordinò la distruzione della rocca nel 1617. Firmata la pace tra Spagnoli e Savoia, Francesco Filiberto F. F. venne reinsediato nel feudo da Papa Paolo V Borghese.
Egli approfittò della sua posizione per imporre nuove tasse (sul focatico per esempio) e per trasformarsi in malfattore.

I Masseranesi ricorsero a Roma. Il Delegato Apostolico R. Bernardo Ratti dovette raccogliere le denunce dei misfatti del Principe, minacciato di scomunica e sottoposto ad atti di sabotaggio. Guidò la lotta clandestina Orazio Bianco ed il feudatario venne accusato di vari reati: usurpazione di beni ecclesiastici, imposizioni eccessive, coniazione di monete false e di bassa lega, omicidi, stupri e tirannia.
Una prima rivolta di sudditi scoppiò nel 1623 a Crevacuore, dove venne ucciso l'erede Carlo; una seconda a Masserano, il 2 luglio 1624 che vide il Castello nuovo saccheggiato e distrutto. I borghigiani invocarono la protezione sabauda.

Il principe fuggì e nel 1629 morì. Gli succedette il figlio, Paolo Besso F.F. (1608-1667). Costui, non ritenuto colpevole dei reati ascritti al padre, venne reintegrato come Principe dal Papa, Urbeno VIII Barberini, e strinse legami coi Savoia anche mediante un accordo per il commercio, per la sicurezza annonaria e militare, malgrado il Governatore Apostolico Giacinto Gardella cerasse di fomentare rivolte per spadroneggiare. Il nuovo Principe concedette nel 1632 diciassette nuovi articoli ai Masseranesi.

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